Google представила мощную нейронную сеть AlphaFold 3, предсказывающую структуру белков: Она теперь доступна каждому

Подразделение Google DeepMind представило новую версию модели искусственного интеллекта AlphaFold, которая предсказывает форму и поведение белков. AlphaFold 3 отличается не только более высокой точностью — теперь система предсказывает взаимодействие белков с другими биологическими молекулами; кроме того, её ограниченная версия теперь бесплатно доступна в формате веб-приложения.

С выхода первой нейросети AlphaFold в 2018 году она стала ведущим методом прогнозирования структуры белков на основе последовательностей аминокислот, из которых они состоят. Понимание структуры и основ взаимодействия белков лежит в основе почти всей биологии. Классические методы моделирования белков имеют значительные ограничения: даже зная форму, которую примет последовательность аминокислот, нельзя сказать наперёд, с какими другими молекулами она будет связываться и как. И если необходимо достичь какой-то практической цели, требуется кропотливая работа по моделированию и тестированию — ранее на это уходили несколько дней, а иногда даже недель и месяцев.

AlphaFold решает эту задачу, предсказывая вероятную форму молекулы белка по заданной последовательности аминокислот, указывая, с какими другими белками она сможет взаимодействовать. Особенность новой AlphaFold 3 состоит в её способности предсказывать взаимодействие белков с другими биологическими молекулами, в том числе с цепочками ДНК и РНК, а также необходимыми для этого ионами.

Большой проблемой AlphaFold, как и других инструментов на основе ИИ, является сложность в их развёртывании. Поэтому в Google DeepMind запустили бесплатное веб-приложение AlphaFold Server — оно доступно для некоммерческого использования. Платформа достаточно проста в работе: осуществив вход с учётной записью Google, можно ввести несколько последовательностей и категорий, после чего она выдаст результат в виде трёхмерной молекулы, окрашенной в цвет, который отражает уверенность модели в своей правоте. На вопрос о том, есть ли существенная разница между общедоступной версией модели и той, что используется внутри компании, глава подразделения Google DeepMind Демис Хассабис (Demis Hassabis) заверил, что они с коллегами «сделали доступными большинство функций новой модели», но подробностей не сообщил.